現在、Ｗ650オーナズクラブは、７つの支部があります。ツーリング等の企画は通常支部ごとにされますが、会員の方はどの支部の企画にも自由に参加いただけます。

　北海道東北支部北海道、青森、岩手、宮城、秋田、山形、福島
　関東甲信支部茨城、栃木、群馬、埼玉、千葉、東京、神奈川、山梨、長野
　北陸支部新潟、富山、石川、福井
　東海支部静岡、愛知、岐阜、三重
　近畿支部滋賀、京都、大阪、兵庫、奈良、和歌山
　中国四国支部鳥取、島根、岡山、広島、山口、徳島、香川、愛媛、高知
　九州沖縄支部福岡、佐賀、長崎、熊本、大分、宮崎、鹿児島、沖縄

また、Ｗ650オーナズクラブ事務局は、会長と各支部長の他、入会の案内／申し込みの受付、メーリングリストの管理、ホームページの作成、などを行う複数のクラブ員で構成されています。